生于伊贺上野（今三重县上野市）的一个下级武士家庭，卒于大阪。十几岁起侍于伊贺上野城代藤堂新七郎良精之子藤堂良忠（俳号蝉吟）。良忠师事俳谐诗人北村季吟，芭蕉也因此而有机会与季吟及其门人交往，芭蕉的俳谐才华深得主人的器重。23岁时，主人良忠去世，芭蕉离开家乡赴京都学习贞门俳谐（松永贞德派）。1672年赴江户，同年出版处女选集《贝覆》，内容包括他的俳谐发句（起句）作品和由他撰写的评语，时年28岁。在江户受到当时正在流行的谈林派（以西山宗因为首的自由奔放的革新派）的影响。34岁前后在江户成为俳谐宗匠，独立门户，不久也确立了在江户俳坛的地位。

1680年冬，因厌倦俳谐师的世俗生活而离开江户市井，住进了门生杉山杉风为其提供的位于深川附近的草庵，后命名为芭蕉庵。此后，芭蕉开始摆脱谈林派的影响，积极吸收老庄思想和汉诗情趣，表现出闲寂枯淡的诗境，如“乌鸦立枯枝，秋暮正迟迟”（收入《东日记》，1681）。这一时期出版的芭蕉及其弟子们的俳谐选集还有《俳谐次韵》（1681）和《虚栗》（1683）。

贞享元年(1684)8月，芭蕉为了摸索新的俳风开始沿东海道向西的旅行，1685年4月结束，途中完成了第一部俳谐纪行文集《荒野纪行》（又称《甲子吟行》）。不久，《俳谐七部集》的第一至三部《冬日》（1685）、《春日》（1686）和《旷野》（1689）刊行，树立起以闲寂、余情、纤细为理念的“蕉风”。从1687年秋到翌年秋之间，芭蕉多次出游，先后到了常陆的鹿岛、东海道上方关西一带，并经木曾路观赏了更科的明月，相继创作了《鹿岛纪行》《笈中小札》和《更科纪行》等俳谐纪行文集。每次出游都使他对自然之美有了新的发现。元禄二年(1689)3月，他开始了历时半年、行程约2400千米的奥羽、北路大旅行。以此为素材，经过反复推敲，在生前终于完成了被后人视为其代表作的《奥州小路》。这部作品在整体结构上具有明显的连句性格，文与句交相辉映，达到了人与自然的高度融合和以自然象征人生的深远境界。它不仅是芭蕉俳谐纪行文中的最高峰，也是日本纪行文学史上的最高峰。

元禄三年以后，芭蕉继续往来于伊贺、大津、京都、奈良等地。在赴九州的途中病逝。俳文集《幻住庵记》（1690）、俳谐日记《嵯峨日记》（1691）以及《俳谐七部集》中的后四部《葫芦》《猿蓑》《炭袋》和《续猿蓑》中的俳谐作品均创作于这一时期。其中，刊行于1691年的《猿蓑》被视为圆满纯熟的代表之作，达到了高悟归俗的境界。

芭蕉是俳谐的集大成者，他使以滑稽和游戏性为主的俳谐成为真正的艺术，享有“俳圣”之誉。《奥州小路》及部分俳句已有中译本。