按部署区域，可分为国家导弹防御系统和战区导弹防御系统；按拦截高度可分为高空反导防御系统和低空反导防御系统。按照作战武器对来袭导弹的杀伤机理划分三种：一是利用拦截导弹弹头爆炸所产生的破片杀伤来袭导弹，美国的“爱国者-2”系统和俄罗斯的“凯旋-300”系列及“安泰-2500”系统属于此类；二是采用动能弹头，利用拦截导弹与目标直接碰撞摧毁来袭导弹或弹头，如美国的“爱国者-3”系统、“战区高空区域防御”系统等；三是采用定向能武器和高能激光束照射并摧毁来袭导弹，如机载激光器系统。

反弹道导弹系统包括三部分：探测、识别和跟踪来袭弹道导弹的预警探测系统（探测跟踪分系统）；用于作战指挥的指挥控制与通信系统（指挥控制分系统）；拦截、摧毁来袭弾道导弹的拦截系统（作战武器分系统）。预警探测系统包括预警设备、远程探测雷达、识别雷达、跟踪雷达、制导雷达等，其中的导弹逼近预警设备通过探测、识别导弹的红外、紫外辐射或反射的雷达信号，进而判断来袭导弹威胁程度、实时发出警告信息、自动实施干扰。指挥控制与通信系统以计算机处理中心为核心联动整个反弹道导弹系统。拦截系统包括高能激光武器、高功率微波武器和粒子束武器等定向能武器，电磁炮、电热炮、动能杀伤飞行器（KKV）等动能武器，通过核爆释放X射线或产生中子流的核武器，配装高爆炸药的常规武器等。

反弹道导弹系统起步于20世纪60年代，美国和苏联先后部署的洲际导弹皆可携带核弹头，弹道导弹防御系统开始受到重视。1962年，美国成功研制“奈基-宙斯”反弹道导弹导弹，用于拦截载入大气层内、处于飞行末段的来袭弹道导弹。1967年，苏联成功研制出具有反导能力的SA-5防空导弹武器系统。1967年，中国氢弹爆炸成功后，美国政府于1969年建成专门针对中国的“哨兵”（后更名“卫兵”）系统，即美国最早部署的导弹防御武器系统。苏联则于1972年部署完成了全世界第一个具有实战反导能力的反导武器系统“橡皮套鞋”。70年代，鉴于建造全面有效的反导防御系统的难度、耗资和风险极大，美苏于1972年签订了《限制反弹道导弹系统条约》，对双方的导弹总数和发射场都进行了限制。70年代末80年代初，美苏以战略进攻弹道导弹为主的军备竞赛再次达到白热化程度。1983年3月，美国总统里根提出“星球大战”计划。苏联领导人戈尔巴乔夫（Михаил Сергеевич Горбачёв，1931～ ）扩大反弹道导弹部署规模。1989年，美国雷神公司研制成功全天候、超高速、多用途的“爱国者”PAC-2反弹道导弹导弹，取代“奈基”导弹，担负国土防空和野战防空任务。1991年海湾战争中，美军使用“爱国者”导弹多次击落伊拉克SS-1B“飞毛腿”导弹，但暴露出PAC-2系统拦截高度过低，拦截概率不够高的问题。90年代，美国开始实施“爱国者”三期改进计划，发展一种用于拦截俄罗斯SS-20之类的战术弹道导弹，以及雷达散射面较小的巡航导弹和机载新型导弹。2001年，“爱国者”PAC-3反弹道导弹导弹正式部署，采用直接碰撞（动能杀伤）与引爆杀伤增强装置相结合的双重杀伤方式毁伤来袭目标，作战效能较PAC-2有大幅提高。