主链是由D-葡萄糖、D-甘露糖、D-葡萄糖醛酸以摩尔比2∶2∶1构成的五糖重复单元，主链上连有3个糖单元的侧链，与主链直接相连的甘露糖常发生乙酰基修饰，而侧链末端的甘露糖连有丙酮酸基团。天然黄原胶平均相对分子质量2×10⁶～5×10⁷，其所含乙酸和丙酮酸基团的比例及相对分子质量取决于产生菌株和后发酵条件。黄原胶具有突出的高黏性和水溶性，易溶于冷水和热水，是具有多侧链线性结构的多羟基化合物。其羟基可与水分子相结合，形成较稳定的网状结构，且在很低的浓度下仍具有较高的黏度。如质量分数为1％时，流体黏度相当于明胶的10倍左右，增稠效果显著。黄原胶溶液的黏度基本不受酸、碱的影响，在pH1～13范围内可保持原有性能。在相当大的温度范围内（-18℃～80℃）基本保持原有的黏度及性能，具有稳定可靠的增稠效果和冻融稳定性。在食品加工领域应用广泛，如作为耐酸、耐盐的增稠稳定剂应用于各种果汁饮料、浓缩果汁、调味料、酱油等食品中；作为稳定的高黏度填充剂广泛应用于各类点心、面包、饼干、糖果等食品的加工，在不改变食品传统风味的前提下，使食品具有更优越的保形性、更长的保质期和良好的口感；应用于冰激凌、雪糕等冷冻食品中，可调整混合物黏度，使其组成均匀稳定，组织滑软，防止大冰晶形成，同时提高产品的冻融稳定性。