在药物设计尤其在基于分子对接的数据库搜索中，一般采用半柔性的分子对接方法，如AutoDock、AutoDock Vina、LeDock、rDock、UCSF DocK、Glide、GOLD、MOE Dock、Surflex-Dock等。处理配体柔性的方法大致可分为两大类：系统搜索算法和非系统搜索算法。系统搜索算法主要是通过改变配体在结合位点所有可能的自由度来确定配体在结合位点的构象和位置，但其计算量较大。非系统搜索方法则通过采用机器学习算法来确定配体分子在最优结合状态下的平动、转动以及二面角的自由度，包括遗传算法、蒙特卡罗算法、模拟退火算法、禁忌搜索算法等。半柔性对接方法是应用比较广泛的对接方法之一。