河流沉积物微生物与湖泊和海洋底部广泛分布的沉积物微生物同样是地球表层生态和地质环境系统的有机组成部分，对于河流生态系统中氮、磷元素的转化起着重要作用。与其他水生生态系统相比，河流具有流速大、水位季节变化明显的特点以及更加开放的空间。因此，河流生态系统的水体与沉积物物质交换更加频繁，由此进一步导致河流沉积物微生物的群落组成受季节影响较大，稳定性较低。此外，由于河流对地形地貌的塑造作用，其沉积物形态在上、中、下游的差异较大：上游多为基岩质；中游多为粗颗粒底质；下游多为细颗粒的泥沙质。所以河流沉积物微生物在上、中、下游的丰度及群落组成也受到较为明显的影响。

河流生态系统是陆地与海洋联系的纽带，受人类活动影响，过量氮、磷的输入导致河流水体富营养化，不仅影响河流的生态功能以及河口沿岸海洋生态系统的平衡，也严重影响河流沉积物微生物的组成和分布。不同的河流营养物质的供给不均衡、外界环境条件以及理化因子改变等因素是造成微生物群落变化的主要原因，微生物的活动也可以影响沉积物中营养物质的分布及转化，因此河流沉积物微生物群落结构是水体环境变化和演替的重要指示。