海洋草场环境中的水体、海草叶面以及沉积物中生活着大量微生物，主要包括：①硅藻、蓝细菌，通过光合作用固定二氧化碳，是初级生产者的重要组成部分。②细菌，主要为异养细菌，发挥分解者的作用。海洋草场微生物群落结构与不同草场植物种类、密度、生物量以及生长特性有关，不同季节海草的生长都会改变其水域内微生物的群落结构和功能。海草在吸收海水营养盐的同时会影响区域内海水中悬浮颗粒物的组成，间接影响海水中微生物的生长。海草也为附生藻类提供了良好的生存环境，海草衰亡和藻类死亡的碎屑也会经过水域内微生物的作用转化分解。海洋草场微生物是海洋草场食物网中重要的一环，它们进一步影响海洋草场其他生物的多样性。