最为常见的珊瑚礁微生物是玫瑰杆菌（Roseobacter），其次是鲁杰氏菌（Ruegeria）、α-变形菌（Alphaproteobacteria）。珊瑚礁微生物作为生产者和分解者参与物质循环、能量流动，调节珊瑚礁生态系统的平衡与稳定，是该生态系统食物网中最为基础和活跃的一环。它们在珊瑚礁生态系统的生物地球化学循环和健康维护上具有重要作用。珊瑚礁的黏液、外周海水以及海底沉积物中的微生物一起组成了珊瑚-微生物共生体。黏液层含有丰富的蛋白质、脂类、多糖以及溶解态有机物，不仅为微生物提供理想的栖息环境，也为微生物的附着提供便利和保护。宿主珊瑚与微生物之间专一性的存在是维持共生体稳定的前提，然而珊瑚的生活史周期较长，在动态环境的变化下共生体的组成与比例会有一定的变化，同时二者还存在协同进化的可能。微生物对碳、氮、磷等物质的转化能为珊瑚礁在贫营养环境中提供养分，同时显著影响周围环境的物质循环过程，调控珊瑚的生态行为。珊瑚礁微生物通过对养分或空间的竞争以及抗生素的产生，在抵抗疾病、维护宿主健康和生态稳定上起到积极的作用。