根据来源不同，河口微生物分为淡水微生物和海水微生物。由于河口是一个半封闭的水体，与开放的海水相连接，具有明显的盐度梯度，同时承载陆地排水系统带来的大量营养盐和有机质，剧烈的环境梯度变化为淡水和海水来源的微生物提供了特殊的生境。河口盐度水平的变化对于两种来源的微生物都是强烈的生理胁迫，导致微生物物种组成、生物量和活性的显著差异。沿着河口的盐度梯度分布着不同的微生物群落，耐盐性是影响其群落结构的重要因素。此外，河口微生物的分布和多样性有别于其他区域的最重要原因在于河口区域因水流等物理化学因素导致的营养盐、溶解氧等环境因子的特异性变化。河口微生物群落的形成和变化通常取决于水体滞留时间和微生物群落的增长速率。在水体滞留时间短的小河口，本地微生物群落的形成和发展受到制约，而水体滞留时间较长的河口，微生物群落有足够的发育时间。