微生物检验室要求高度的清洁卫生，应尽可能满足无菌条件。在环境、人员、设备、检验用品、培养基和试剂以及菌株方面有以下要求。①检验环境不能影响检验结果的准确性。检验室的工作区域应与办公区域明显分开。工作区域面积和总体布局应能满足检验工作需求。实验室布局应采用单方向工作流程，避免交叉污染。检验室环境的温度、湿度、光照度、噪声和静度应符合工作需要。一般样品检验应在洁净区域（包括超净工作台和洁净实验室）进行，洁净区域应有明显标识。病原微生物分离鉴定工作应在二级生物安全实验室进行。②检验人员应具有相应的教育、微生物专业培训经历，具备相应的资质，能够理解并正确实施检验。检验人员应掌握实验室微生物检验安全操作知识和消毒知识。应在检验过程中遵守相关预防措施的规定，保证自身安全。有颜色视觉障碍的人员不能参与涉及辨色的实验。③培养基的制备和质量控制按照相关国家标准规定执行，检验试剂的质量及配制应适用于相关检验。对检验结果有重要影响的关键试剂应进行适用性检验。④检验室应使用微生物菌种保藏专门机构或同行认可机构保存的、可溯源的标准菌株或参考菌株。

微生物检验室常用的仪器有培养箱、高压蒸汽灭菌器、冰箱、厌氧培养箱、显微镜、离心机、超净工作台、振荡器、普通天平、千分之一天平、烤箱、冷冻干燥设备、均质机、恒温水浴锅、菌落计数器、生化培养箱和酸度计等。