在核糖体上新合成的多肽被送往细胞的各个部分，如溶酶体、线粒体、叶绿体、细胞核等细胞器，或运送到细胞外，以行使各自的生物功能。这一输送是有目的的定向进行的，通常认为蛋白质是否被转运，是由其基因决定的。对于需要被转运的蛋白质，其前体中含有特征氨基酸序列，这种被称为信号肽的特征序列能被细胞转运系统识别，然后将蛋白质通过膜转运到所需部位。信号肽一般由20～40个氨基酸残基组成，在一级结构上有以下特点：①信号肽N端有1～3个带正电荷的氨基酸残基。②接下来是14～20个中性氨基酸残基组成的疏水区（疏水核）。这个疏水区极为重要，其中某一个氨基酸被非极性氨基酸置换时，信号肽即失去功能。③在信号肽C端有1个可被信号肽酶识别的位点，此位点上游常有一段疏水性较强的五肽。

丹麦技术大学的生物序列分析中心开发了SignalP这个信号肽及其剪切位点检测工具。该算法基于神经网络方法，用已知信号序列的革兰氏阴性原核生物、革兰氏阳性原核生物及真核生物的序列分别作为训练集。SignalP预测的是分泌型信号肽，而不是那些参与细胞内信号传递的蛋白质。其网址为：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/。

蛋白质在细胞器中定位往往与其功能密切相关。TargetP是蛋白质在细胞内的定位分析软件，它应用神经网络算法，根据蛋白质N端序列对蛋白质转运到线粒体、叶绿体还是分泌到细胞外进行预测，据报道，对植物及非植物细胞预测的准确性可分别达85%和90%。其网址为：http://genome.cbs.dtu.dk/services/TargetP/。