化肥污水主要来自合成氨车间、尿素车间的高浓度氨氮污水，这部分污水中的氨氮主要以无机氨形式存在。合成氨车间生产污水受原料影响较大，以煤和渣油、石油焦为原料的合成氨装置的生产污水，主要有变换工艺冷凝液、造气污水等，污水中的主要污染物是氰化物、氨氮、硫化物等。造气污水是合成氨生产最重要的污染源，主要来源于气体的洗涤、冷凝和分馏工段，其中溶解了原料中的硫氰化物、硫化物、铵盐、芳香族化合物和含氮、氧、硫的杂环化合物及焦油等。因原料种类不同、气化炉型不同、气化工艺不同，污水水质差异很大，是典型的高含氨氮难降解工业污水。尿素生产污水主要包括尿素稀碳氨液等。

处理化肥污水是去除污水中的氰化物和氨氮。氰化物的主要处理工艺为混絮凝沉淀预处理，再通过生物法处理。去除氨氮的方法常用物理法、化学法和生物法。常用物理法有膜分离法、蒸馏法等；化学法有吹脱法、离子交换法、折点氯化法、电渗析法、电化学法、化学沉淀法等；生物法主要应用生物硝化反硝化原理，处理工艺包括A/O法、序批式活性污泥法、氧化沟法、曝气生物滤池法、生物膜法等。