1956年创刊，编辑委员会设在北京。初期为季刊，1959年改为双月刊，1960年改为月刊，1960年7月停刊，1962年复刊为双月刊，直到1966年第2期后第2次停刊。1979年经国家科学技术委员会批准，于1980年再次复刊。1980年、1981年为双月刊，1982年以后为月刊。《水利学报》的前身是中国水利工程学会的会刊《水利》，于1931年创刊，由中国李仪祉、须恺等创议成立，汪胡桢、徐世大、谭葆泰曾任出版委员会委员长，1948年停刊，共出版82期。

《水利学报》刊载水利、水电和水运领域具有较高学术水平的学术论文、专题综述以及工程技术总结，开展学术论文的讨论和评论，介绍科技动态和消息。主要专业范围包括：水文及水资源、防洪减灾、灌溉排水、水力学、泥沙、河港水运、岩土工程、水工结构及材料、水利水电施工及监理、水力机电、水利经济、水环境、水利史研究等。《水利学报》是北京大学图书馆“中文核心期刊”、中国科学技术信息研究所“中国科技核心期刊”、中国科学引文数据库（CSCD）来源期刊，被美国《工程索引》(Engineering Index，EI)、美国《剑桥科学文摘》（Cambridge Scientific Abstracts，CSA）、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》〔Japan Science and Technology Agency(Chinese Bibliographic Database)JSTChina〕、荷兰《文摘与引文数据库》（Scopus）收录。荣获“中国百种杰出期刊”“新中国60年有影响力的期刊”“百强报刊”等称号。