地下水管理的基本目的是把危害地下水盆地（系统）的因素降低到最小，使用水者从环境和经济技术上获得最大的效益。通过地下水管理进行优选水源，制定水利系统设计方案，对含水层储量、地下库容的容积、未来需水要求、环境保护措施、人工补给及水资源联合开发等问题进行长远考虑和设计，以最终满足各方面的需水要求。由于地下水管理的内容涉及面很广，和自然、社会、经济、环境诸系统都有密切关系。因此，从其服务目标出发，地下水管理可以是只考虑合理开发利用地下水和防止地下水资源枯竭的单一目标管理，也可以是综合考虑防止、控制和改善因地下水开发利用而产生的社会、生态、环境副作用和经济技术限制条件的多层次、多目标的管理。但是，不论管理目标是否具有多样性，其最基本的管理内容和方法均应包括合理控制地下水开采量和优化地下水位的研究；建立地下水注水屏障或抽水槽，防止海水入侵或劣质水入侵；为实现地表水和地下水的联合运转，进行人工回灌和开发地下水库的研究，以及分析地下水和地表水水量、水质多年动态机制的形成，进行流域（盆地）内整体水均衡、水动态的预测和各种水资源的优化调度以及分质供水的研究等。