稀有种通常被认为是受到威胁的，因为较小的种群规模无法从生态灾难中恢复过来的物种。稀有种没有特定的数量标准，世界自然保护联盟也没有对稀有种作出过定义。然而，J.R.普伦德加斯特^[注]等以及E.迪纳斯坦^[注]认为稀有种是数量少于1万个个体的特有物种，以及具有非常狭窄分布范围或破碎栖息地的物种。依据这些标准，地球上75%的已知物种可以被归类为“稀有种”。

一个物种可能是稀有的，实际上不一定是濒危或受到威胁的。例如，一种仅在岛屿上发现的生物，或者自然分布区狭窄的生物，或者在其自然分布范围的边缘的物种，通常是稀有种，容易受到栖息地开发的干扰而濒危。虽然《世界自然保护联盟受威胁物种红色名录》没有使用这一概念，但是有些官方机构发布稀有种名单是为了加以保护。保护种并不一定是濒危物种。美国一些州在保护立法中使用了稀有种这一类别，科学讨论中也常使用“稀有种”这个术语。