负责堤防修守、防汛抢险、河道治理等有关河工的营建、维修、养护等事宜。明代始设管理黄、运两河的高级官吏，明初以尚书、侍郎或都御史管理治河，最初多为钦差大臣性质。明成化（1465～1487）后，始称总督河道，简称总河，成化七年（1471）设总理河道侍郎。嘉靖二十年（1541），以都御史加工部职衔，管理河南、山东、直隶河道，万历五年（1577），改总理河漕兼提督军务。与清代的河道总督有所不同，明代的总督河道或总理河漕并非专职常设官员。

清代始设河道总督一职，简称总督，驻济宁，为正二品，加尚书或都御史衔者为从一品。顺治元年（1644）七月，授杨方兴首任河道总督。河道总督常带有兵部尚书、右都御史或侍郎、副都御史等衔，其职责除了对运河的管理，保证运河畅通和对黄、淮等河道的治理外，也兼管地方治安、赈济灾民以及配合国家的军事行动。这些职责在清朝初期立足未稳和晚期内忧外患之际所发挥的作用尤为明显。雍正、乾隆时期，黄河形势日趋恶化，河患加剧，对黄河的治理实行分段管理。雍正七年（1729），分河道总督为江南河道总督和河东河道总督。江南河道总督也称南河总督，驻清江浦，管理江苏、安徽两省黄、运（江北段）、淮河；河东河道总督也称东河总督，驻济宁，管理山东、河南两省黄、运两河。雍正八年（1730），增置直隶河道总督，管理海河及直隶水利，驻天津。依次简称南河、东河及北河。后不久撤销北河，改归地方管理。咸丰五年（1855）黄河改道及运河停止漕运后，南河及东河先后裁撤，河务划归地方管理。清朝治河较有成就的河道总督有靳辅、张鹏翮、康基田、黎世序等。