1980年，国务院批准中国申请加入CITES，明确管理机构设在林业部，名称为“濒危物种进出口管理办公室”，明确科学机构由中国科学院承担。1981年国务院办公厅颁发“中华人民共和国濒危物种进出口管理办公室”印章。同年4月8日，CITES对中国正式生效。中国成为第63个缔约方。

1995年中央机构编制委员会办公室批复成立“林业部濒危物种进出口管理中心”，对外称中华人民共和国濒危物种进出口管理办公室。1999年更名为“国家林业局濒危物种进出口管理中心”。2011年，中央机构编制委员会办公室设立派驻地方森林资源监督专员办事处，在其内设14家国家濒管办办事处核发CITES允许进出口证明书。2018年机构改革，国家濒管办与国家林业和草原局野生动植物保护司合署办公。

国家濒管办主要职责包括：监督管理野生动植物及其产品的进出口，组织核发野生动植物允许进出口证明书，负责进出口证书通关协调，承担进口野生动植物种源免税确认工作；负责拟订、调整和公布国际公约禁止或者限制贸易野生动物名录；负责野生动植物及其产品进出口单位的CITES登记注册、产品标记管理；承担CITES履约具体工作；承办非贸易类野生动植物保护履约工作；承担部门间履约执法协调机制相关工作；负责协调香港、澳门特别行政区有关CITES事务；承办涉台野生动植物贸易管理事务。

国家濒管办不断实施濒危物种贸易管理、加强国家履约执法和立法、开展保护濒危物种宣传教育和能力建设、完善管理体系和履约协调机制、加强国际履约合作等工作，推动《中华人民共和国濒危野生动植物进出口管理条例》颁布实施。2011年，国家濒管办促成了国家“部门间CITES执法工作协调小组”的成立，各地也相继成立了省级部门间CITES执法工作协调小组。2013年起，国家濒管办组织了3次全球打击破坏野生动植物资源违法犯罪联合国际行动——眼镜蛇行动。2015年的“眼镜蛇三号行动”中国会同4个洲的64个国家，查获走私濒危物种案件300多起。2016年建立了国家和地方打击野生动植物非法贸易联席会议制度。