早期的DNA测序是通过基因点突变实现的，速度极慢。1970年，美国康奈尔大学的科学家提出了一种全新的测序策略，即位置特异之引物延伸策略，他们借助DNA聚合酶和特异性标记的核苷酸测得了λ-噬菌体黏性末端DNA的序列。1973年他们又证明，利用合成的位置特异引物，可对任何DNA进行测序。1977年F.桑格发展了这一策略，建立了更快的引物-延伸测序方法，即桑格法。同年A.马克萨姆^[注]和W.吉尔伯特发明了马克萨姆-吉尔伯特（Maxam-Gilbert）法，又称化学降解测序法。这些方法有效地加速了DNA的测序速度。20世纪80年代中期，出现了基于桑格法的凝胶电泳自动测序仪，并以荧光代替同位素，结合计算机图像识别，使DNA测序变得更为容易和可控。90年代中期，出现了非胶阵列毛细管电泳全自动测序仪，使得人类基因组测序框架图于2001年提前完成，并激发了DNA测序方法的发展，出现了一系列新的或称之为下一代的测序方法，如大规模平行签名测序（massively parallel signature sequencing; MPSS）、“香肠”（聚合酶克隆）测序（polony sequencing）、焦磷酸测序（pyrosequencing）、离子半导体测序（ion semiconductor sequencing）、DNA纳米球测序（DNA nanoball sequencing）等。正在发展的DNA测序方法有：纳米孔测序、显微测序〔如基于重元素标记的原子力显微镜或透射电镜直读DNA片段（＞5000碱基对）中的碱基位置〕等。

现代DNA测序的主要依据酶促模板合成策略，主力测序法就是以桑格法为基础，以非胶阵列毛细管电泳为分离工具，以荧光标记做检测的全自动化DNA测序方法。其关键原理是：以待测序DNA链或片段为模板，先与一小段引物配对，然后加入A、T、G和C四种碱基（合记为dNTP），在聚合酶催化下合成延伸与模板DNA互补的新DNA链。如果模板DNA足够多，且加入的4种碱基中混入3′-双脱氧的ddNTP，则哪一条链碰上其中的一个，链的延伸反应即被终止。dNTP和ddNTP参与反应的机会是大致相等的，结果复制出来的DNA链就长长短短，只要能将从短到长分离开来，用荧光（预先标记）或同位素等其他方法进行识别检测，就可以获得与模板DNA互补的连接顺序，按互补规则即A-T、G-C翻译回去，便能得目标DNA的序列。

DNA测序用途极广，如亲子鉴定、物种鉴别、侦破与断案、疾病防治与医药发展、分子生物学研究、生物进化、遗传与变异等。由此可见关于DNA测序新方法的研究以及各种DNA测序方法的应用研究，是不可能在短时期内止息的，相反还会继续快速发展。

DNA测序