1992年6月25日，土耳其、保加利亚、罗马尼亚、希腊、摩尔多瓦、亚美尼亚、阿塞拜疆、格鲁吉亚、俄罗斯、乌克兰和阿尔巴尼亚11个黑海地区黑海地区的国家在伊斯坦布尔举行首脑会议，并签署黑海地区经济合作宣言和博斯普鲁斯声明。宣言称：各成员国将努力把黑海建成一个和平、稳定、繁荣的地区，各国要发展睦邻关系，扩大和加强经济、科技和环保等方面合作，为共同繁荣创造条件：声明强调，在民主法制和尊重平等互利的基础上，建立成员国间新型伙伴关系。美国、法国、德国、意大利、奥地利、波兰、捷克、斯洛伐克、白俄罗斯、克罗地亚、埃及、以色列和突尼斯为该组织观察员。

该组织的宗旨是建立黑海地区国家间的睦邻关系，发展经济和社会合作，该组织为黑海区域的国家以及全球的经济、文化、社会等方面的发展都作出了重要的贡献。1996年4月，黑海经济合作区第二次首脑会议在布加勒斯特举行，会议主要就发展多边贸易、促进投资等问题和对4年来地区合作所取得的成绩及前景进行讨沦，并决定本年度7月份在伊斯坦布尔召开制定黑海航行环保标准的国际会议及在希腊的萨洛尼卡市成立黑海合作与发展银行、联合国秘书长加利的代表在此次会议上呼吁各国为前南地区的重建和经济振兴提供支持。

2002年12月9日至10日，黑海经济合作区成员国国家科学院院长理事会在乌克兰首都基辅举行了自成立以来的第一次会议。会议研究了该理事会的工作及其在黑海经合组织整个机构系统中的地位、同该组织其他机构协同行动等问题，2012年黑海经合组织首脑峰会讨论了黑海地区一系列最迫切的共同问题，确定了科学院院际合作新途径和新机制，并对该组织成员国科研机构和学者与其欧盟伙伴之间发展合作、参与欧盟第六个科技框架计划的前景给予了“特别的关注”。

2012年6月26日，黑海经济合作组织为庆祝成立20周年在伊斯坦布尔召开首脑峰会。峰会上就各成员国关心的全球及地区化问题进行了探讨，与会领导人还就未来地区有可能面临的问题及机遇交换了意见。2017年6月29日，黑海经济合作组织在土耳其伊斯坦布尔举行会议，讨论加强该组织合作的途径，以更好应对地区安全挑战。