内战主要表现为地区局部战争和塔阿（阿富汗）边界冲突，同时也存在由于政府军内部兵变引发的战斗。

　　1991年9月9日，塔吉克斯坦共和国宣布独立。但由于受苏联八一九事件的影响，塔吉克斯坦国内政治矛盾迅速激化。1992年初，以伊斯兰复兴党、伊斯兰民主党为代表的极端势力在反对共产党人继续执政的共同目标下组建“救国阵线”，成为政府反对派。随后反对派以武力相威胁，要求解散最高苏维埃，改组政府。迫于压力，政府做出让步和妥协，将政府部分部长职位让予反对派。但反对派继续与政府对抗，并夺取了一些地方政权，从而导致内战全面爆发。9月，纳比耶夫总统被迫辞职，反对派支持的阿·伊斯坎达罗夫代行总统权力。但国家实际上仍处于割据状态。10月底，前最高苏维埃主席肯贾耶夫和阿卜杜拉希莫夫领导库里亚布州和吉萨尔地区的民兵武装开进杜尚别，占领总统府、最高苏维埃大楼和广播电台等重要部门。11月4日，在俄罗斯和中亚其他三国支持下，塔吉克斯坦最高苏维埃召开第16次非常会议。经过激烈争论，阿·伊斯坎达罗夫代总统职务被解除，选举拉赫蒙为国家最高苏维埃主席，即国家元首。反对派被驱逐到境外阿富汗北部地区和塔吉克斯坦境内的偏远山区。

　　1993年3月，反对派在阿北部塔卢坎成立流亡政府和“塔吉克联合武装反对派”组织，并设立了电台。反对派得到外部势力的支持，不断在塔阿边境和塔吉克斯坦国内挑起武装冲突，制造暗杀、抢劫等恐怖事件，致使大量人员伤亡，巨额财产毁于战火，社会治安严重恶化。

　　1994～1997年，交战双方在国际社会的斡旋下，转入边打边谈阶段。1996年，形势有所好转。拉赫蒙出于维护国家稳定的大局考虑，决定对反对派武装分子实行大赦。同年12月，拉赫蒙又与反对派领导人努里签署关于实现停火的议定书。1997年5月28日，双方签订关于停止内战实现民族和解的议定书。6月27日，拉赫蒙又和努里以及联合国秘书长特别代表梅列姆在莫斯科签署了《关于在塔吉克斯坦建立和平和民族和睦总协定》。此协定的主要内容包括：双方各出13名代表组成民族和解委员会，努里任主席，并从阿富汗回到杜尚别办公；交换战俘和政治犯；遣返在阿富汗滞留的难民；460名反对派士兵随努里回塔，反对派武装同政府军合并，并对军队进行改编；将30%的席位让予反对派；重新选举议会和总统等。协定于7月14日生效。

俄罗斯妇女和女儿与平民一起等待从塔吉克斯坦库洛布撤离

1996年，塔吉克斯坦总统拉赫蒙和反对派领袖努里在阿富汗总统拉巴尼的斡旋下举行会谈

协议的签订，标志塔吉克斯坦内战结束与和平进程开始。塔吉克斯坦内战造成6万多人丧生和100多万人沦为难民，给塔吉克斯坦社会经济、文化事业和人民生活的发展带来严重的负面影响。