核酸侵入反应是由5′核酸内切酶或flap内切酶催化的，能够识别切割核酸片段形成的特异性二叉结构——侵入重叠结构的一类反应。5′核酸内切酶或flap内切酶特异性识别核酸3′末端侵入下游双链所产生的侵入结构，并切割被侵入的下游双链核酸5′翘起片段（见图）。切割所产生的短片段被称为flap或arm片段，能够作为模板特异性的信号分子被检测。核酸侵入反应具有很高的特异性，当反应体系中的核酸片段，没有形成特异的侵入重叠结构时，切割反应几乎不发生，不产生特异的信号分子。高的特异性使该反应可以准确地检测DNA和RNA分子中单碱基突变、插入或缺失，也适用于靶序列的定量研究。由于核酸侵入反应不依赖核酸序列，而只依赖于核酸形成的特异性结构，使得该反应具有广泛的适用性，并且由于该反应并非扩增待测模板本身，极大地降低了模板交叉污染的风险，使基于该反应建立的生物测定方法具有很大的优势，在临床分子诊断中得到了广泛应用。

核酸侵入反应的基本原理示意图