与东太型厄尔尼诺不同，该类厄尔尼诺在21世纪以来频繁发生，因此又称“新型厄尔尼诺”“日界线厄尔尼诺”“厄尔尼诺Modoki”（Modoki是日文的罗马语拼法，意为“相似但不同”）、“暖池型厄尔尼诺”。科学界已逐渐接受“中太平洋型厄尔尼诺”这一名称。

中太型厄尔尼诺的发展消亡与前述的东太型厄尔尼诺较为类似，也有明显的季节锁相现象，即从春末夏初开始出现，冬季达到最强，次年春夏衰减消亡。但是，中太型厄尔尼诺的强度大约为东太型厄尔尼诺的一半，其最大增温只有2℃左右。与东太型厄尔尼诺不同的是，其初始海温异常最先出现在赤道中太平洋，海温异常在冬季时会扩展至赤道东太平洋，但其海水增暖中心仍位于赤道中太平洋日界线附近（见图）。因此，赤道中太平洋的海洋大气有较明显地改变，例如赤道中太平洋信风和海流减弱，降水增加。第二个与东太型厄尔尼诺不同的特征是，由于赤道东太平洋海温没有明显的上升，热带辐合带不会明显地向赤道偏移，而是局地增强，导致赤道东太平洋上出现吹向热带辐合带的异常南风；因此，即使在中太型厄尔尼诺的盛期中，赤道东太平洋上也没有明显的降水增加现象。第三点不同的特征是，其消亡之后很少会伴随着拉尼娜的发展，因为中太型厄尔尼诺的生命周期中没有伴随着强烈的次表层海水“放电”现象，海洋次表层没有足够的异常冷水供拉尼娜的发展。按现今普遍认同的分类标准，历史上的1965/66、1968/69、1977/78、1991/92、1994/95、2002/03、2004/05和2009/10的厄尔尼诺事件归类为中太型厄尔尼诺。

中太型厄尔尼诺的发展机理与东太型厄尔尼诺的比较类似，也受纬向平流反馈、温跃层反馈和埃克曼反馈的控制。但不同的是，由于中太型厄尔尼诺对应的局地温跃层深度变化很小，而且赤道中太平洋上升流较弱，因此中太型厄尔尼诺受温跃层反馈的作用很小，其发展主要是依赖于纬向平流反馈：异常的西风引发的异常东向海流将暖池区的高温暖水向东输送，由于赤道东太平洋存在异常的弱东风（见图），阻止高温暖水的进一步东扩，因此纬向平流反馈的贡献仅仅存在于赤道中太平洋上。正因为中太型厄尔尼诺受周期较长的温跃层反馈的控制较弱，而受短周期的纬向平流反馈的控制较强，因此中太型厄尔尼诺的持续时间较短（8～11个月），且呈现出准两年振荡的特征。尤其是21世纪的前10年中发生了3次中太型厄尔尼诺事件（2002/03、2004/05和2009/10），其原因尚未确定。

等值线间隔：0.2℃，矢量，风速大小如右上角所示，图中绿色方框表征Niño 4区：南纬5°～北纬5°，东经160°～西经150°历史上东太平洋厄尔尼诺事件中12月至次年2月平均的海温异常和海面10米风异常