设立于明洪武二十八年（1395）。据《大明太祖高皇帝实录》记载，钟鼓司“设司正一人，秩正五品，左右司副各一人，秩从五品。钟鼓司掌祭乐及御乐，并宫内宴乐与更漏、早朝钟鼓诸事”。其后，钟鼓司的职能有所变化，承担了戏曲创作、演出的重要职能，并以此承应帝王。《明史·职官志》记：“钟鼓司，掌印太监一员，佥书、司房、学艺官无定员，掌管出朝钟鼓及内乐、传奇、过锦、打稻诸杂戏。”《万历野获编·补遗》卷一“禁中演戏”条载：“内廷诸戏剧俱隶钟鼓司，皆习相传院本，沿金元之旧，以故其事多与教坊相通。”明代钟鼓司的戏曲创作、演出活动不仅对前代有所沿袭和继承，而且还与教坊司和宫廷以外的戏曲创作、演出有所交流。据孙楷第考证，明人赵琦美所藏《脉望馆抄校古今杂剧》便来源于钟鼓司和教坊司。