有孔虫的细胞质分化为外质和内质。外质围绕着壳并且伸出根状或丝状的伪足，主要功能是运动、摄食、消化食物、清除废物和分泌外壳。内质中具有一个或数个细胞核。有孔虫的壳通常形成多房室，房室间隔板有孔相通，因此得名有孔虫（图1、图2）。

图1 亚得里亚海里的一种有孔虫

图2 西印度群岛的各种有孔虫

有孔虫化石的研究始于20世纪60年代的深海钻探计划、海洋钻探计划及综合海洋钻探计划。有孔虫从寒武纪（距今5.7亿～5亿年前）到现代均有发现，已记载的有34000多种，占已知原生动物种数的一半以上。

现生的有孔虫约有4600种，如抱环虫（Spiroloculina）、编织虫（Textularia）、企虫（Elphidium）等属的种类。根据对温度的适应性，有孔虫可分暖水种和冷水种两大类群。

有孔虫主要生活于海洋环境，广布于潮间带到深海区。大多数种类营底栖生活。少数种类营浮游生活，出现于较高盐度的大洋中。

一般具自身分泌的特丁质（tectin）、钙质或硅质外壳，亦可胶结外界的物质形成外壳。有孔虫的生殖方式有无性生殖和有性生殖两种。有性生殖的种类，一般有世代交替现象。

石灰质的有孔虫目生物化石由其生活的古代海洋元素组成。可通过测定其氧气中稳定同位素的比例去重组古代气候，以及利用测定碳中稳定同位素的比例去重组碳循环的历史及古海洋生产力。

有孔虫化石在地层学调查中可作为非常可靠的指示物。各个地质时期的有孔虫，种类演化明显，化石保存较好，常被用作确定地质年代的标准化石和古沉积环境的指相化石。