森林分类经营是根据生态效应和经济效益相结合的原则，把森林中一部分生态区位重要的林分划定为公益林，其目的是以生态效益为主。公益林经营就是对公益林采用不同的管理方法。

公益林经营程序包括抚育、管护、利用、改造、更新等各个环节。经营范围包括依据国家有关规定划定和经批准公布并签有公益林保护协议的森林、林木及宜林地，包括防护林（水源涵养林、水土保持林、防风护沙林、农田防护林、护岸护路林）、特种用途林（国防林、实验林、母树林、环境保护林、风景林、名胜古迹和革命纪念林、自然保护区林）等。

公益林以森林经营类型作为经营设计的基础，依据各个经营类型的经营目的（防风固沙、水源涵养、护岸护路等）确定经营措施，其造林更新、抚育采伐、改造等均应以有利于最大限度地持续发挥森林的公益功能为目的。在条件允许的情况下，公益林应尽可能模拟森林的自然生长方式，实施“接近自然的林业”。

经营的目标是最大限度地发挥其生态环境服务功能，同时兼顾木材和林副产品生产，以及部分可作为商品的公益性服务效能。公益林经营类型可分为封育保护型、封育补植型、抚育间伐型、更新择伐型、更新改造型。

公益林分为国家重点公益林和地方重点公益林。重点生态公益林的经营原则一是最大限度地发挥森林的生态功能，二是保证森林防护功能的稳定性和持续性，因此在经营时要保证林分的合理郁闭度、复层异龄林的林分结构和混交树种的适当比例。一般生态公益林的经营管理首先要合理确定采伐方式，其次在不破坏森林生态环境、保证伐后林分生态效益稳定性的基础上合理确定采伐强度，采用低强度择伐作业方式收获达到目标直径的林木个体。

经营的主体即经营管理单位应为政府部门出资的事业单位和生态效益的直接受益单位。公益林经营的资金来源由各级政府财政支持（按规定比例拨出）、直接受益单位补偿费（根据受益的大小、经济的承受能力按合约收取）、社会集资和经营单位在公益林经营中自筹4个部分构成，不同地方资金来源的比例可以不同。公益林经营的大部分资金（除自筹外）应由林业主管部门统筹管理、按需划拨。