渗透性表征了流动相通过色谱柱的难易程度。色谱柱渗透性的大小可以用渗透率来表示，一般色谱柱的柱渗透率可按如下公式计算：

式中为色谱柱的比渗透系数；为固定相颗粒的平均粒径；为色谱柱的阻抗因子；为色谱柱中颗粒之间的孔率。由公式可见，柱渗透率与色谱柱中填充颗粒大小密切相关，当色谱柱填充不同粒度的固定相时，色谱柱的柱渗透率会有很大的差别。在高效液相色谱法中，由于使用液体流动相，其黏度大于气体流动相，且固定相粒度又小，为保证柱子在较低压力下正常操作，希望柱渗透率要大一些。