黑九月事件后，一批法塔赫极端分子成立黑九月组织，目的是为巴勒斯坦人复仇。它主张以暗杀和劫机为主要手段，对约旦、以色列等发动攻击。为迫使以色列当局释放关押的巴勒斯坦人、引起国际社会对巴勒斯坦问题的关注，黑九月组织筹划劫持以色列运动员。

1972年9月5日约凌晨4时，8名黑九月组织成员潜入慕尼黑奥运村以色列运动员宿舍，击毙了两名以色列运动员，劫持了9名运动员和2名安保人员作人质。后致电奥运会组委会，称如在上午9点前不能满足条件，将处死人质。

劫持的直升机

联邦德国警方通过对话使劫持者多次修改最后期限，联邦德国政府与以色列紧急磋商后确定了解救人质的方案：佯装同意黑九月组织成员乘坐直升机离开慕尼黑换乘波音727客机，在他们进入客机后将其击毙，营救人质。随后劫持者与人质乘坐3架直升机离开奥运村，前往费尔德布鲁克军用机场换乘波音727客机。约22点30分，3架直升机抵达机场。一架直升机上的4名劫持者押着2名机组人员首先换乘客机，他们在进入客机后发现自己中了圈套便跳下客机。德国狙击手随即向劫持者开火，当场击毙3人。联邦德国警方顾及人质安全，行动受到了限制，在持续交火约1个小时15分钟后，决定动用6辆装甲车发动强攻。3名劫持者恼羞成怒，跳下第二架直升机后用手雷炸毁了直升机，机上5名以色列人质全部丧命。另一架直升机上的4名以色列人质被劫持者枪杀。随后，2名劫持者在交火中被击毙，3人被抓。9月6日凌晨1点30分，交火结束。

被杀运动员纪念碑

在劫持事件中，11名以色列运动员、1名德国警察、5名黑九月组织成员死亡。9月6日上午，奥运会比赛全部停止，改为举行悼念活动。7日上午，11名遇难运动员的棺柩被运回特拉维夫。之后，以色列组建阿夫纳小组对事件元凶展开追捕行动。这一事件促使随后的历届奥运会和其他重大赛事组织者均增强了安保措施，避免不幸再次发生。