随着英国生物化学和科学史学家李约瑟（Joseph Needham，1900～1995）出版了《中国科学技术史》的系列卷本，研究中国科学技术与医学史的学者们开始于20世纪80年代定期举行国际中国科技史会议（比利时鲁汶，1982；中国香港，1983；中国北京，1984；澳大利亚悉尼，1986；美国加利福尼亚，1988；英国剑桥，1990）。会议吸引了越来越多关注中国、韩国、越南和日本的专家参与。在1990年于剑桥召开的第六届会议期间，与会者们决定成立国际东亚科学技术与医学史学会，并制定了规则。学会根据法国法律注册为非营利性组织，会所在巴黎的法兰西学院（Collège de France）。1997年，国际东亚科学技术与医学史学会成为国际科学技术历史与哲学联合会的科学技术史分部（IUHPST/DHST）的历史委员会，2017年被授予科学部门地位。

学会的主要活动是组织国际东亚科学史大会，最初每3年一届，后来每4年一届（日本京都，1993；韩国首尔，1996；新加坡，1999；中国上海，2002；德国慕尼黑，2005；美国巴尔的摩，2008；中国合肥，2011；法国巴黎，2015；韩国全州，2019）。因与国际科学技术历史与哲学联合会的科学技术史分部的关系，该学会也在每4年一届的国际科学技术史大会上组织讨论会。

截至2019年1月，学会拥有来自20多个国家的约400名会员，47%的会员在亚洲，35%在欧洲，17%在北美。超过30%的会员是进入该领域时间不长的学者。80年代该领域的大部分研究关注于1600年以前的时段，而今出版物的大部分研究则关注于现当代。

学会的董事会包括1名主席、1名副主席、1名秘书和1名财务主管，均由国际东亚科学史大会选出。董事会与学会杂志的编辑和下届大会地方筹办委员会主席密切合作。

学会的历任主席包括：N.席文（Nathan Sivin）、中山茂（Nakayama Shigeru）、詹嘉玲（Catherine Jami）、金永植（Kim Yung Sik）、刘钝（Liu Dun）、古克礼（Christopher Cullen）、文树德（Paul Unschuld）、梅建军（Mei Jianjun）、韩嵩（Marta Hanson）和石云里（Shi Yunli）。

学会出版同行评议英文杂志《东亚科学、技术与医学》（原名《中国科学》），致力于研究传统和现代东亚科学技术与医学的历史。每年出两期。杂志历任编辑包括：宾夕法尼亚大学的席文、加州大学洛杉矶分校的B.A.艾尔曼（Benjamin A.Elman，1946～　）、蒂宾根大学的H.U.福格尔（Hans Ulrich Vogel，中文名傅汉思）和法国国家科研中心的詹嘉玲。

学会于2002年设立的竺可桢奖和竺可桢青年奖均由中国科学院自然科学史研究所资助，每4年颁奖一次，颁发给在东亚科学技术与医学史领域发表原创性期刊的研究人员。