天主教传入菲律宾后，在西班牙殖民统治下，菲律宾各教区的管理权长期握于西班牙教士手中。18世纪后半期，西班牙殖民当局同各教团之间存在尖锐的矛盾。为限制教团势力的膨胀，西班牙殖民当局准许菲律宾教士管理一部分教区。但不少西班牙殖民官员和教士出于种族歧视和政治疑忌，一直反对任用菲律宾教士。19世纪初，西班牙王室决定采取陆续剥夺菲律宾教士管理教区权利的政策。1826年，下令由西班牙教士接管一些已由菲律宾教士管理50年的教区。1861年，又决定让耶稣会教士重新管理棉兰老各教区。到1870年，在全菲792处教区中，菲律宾教士管理的教区仅有181处，且都在边远贫穷地区。但随着经济的发展和教育的进步，菲律宾的教士人数增加。到19世纪中叶，其人数已超过西班牙教士。

为反对民族压迫和种族歧视，菲律宾教士奋起开展教会菲化运动。1862年，教会菲化运动的倡导者P.佩莱斯神甫上书西班牙女王，要求撤销1861年的决定。1864年，J.布尔戈斯神甫发表《告高尚的西班牙人民书》，驳斥当时流行的所谓白种人优越的谬论，揭发教团的黑暗，要求由菲律宾教士接管西班牙教士把持的教区。运动遭到西班牙殖民当局的残酷镇压。1872年，吕宋甲米地兵工厂工人和士兵与附近的农民举行的起义失败后，殖民当局乘机将布尔戈斯等教会菲化运动的领导人处以死刑，运动随之结束。教会菲化运动不仅是宗教改革运动，而且是菲律宾民族主义运动的先声，标志着菲律宾民族意识的增长。