未成熟的T淋巴细胞在胸腺中经历克隆清除（clonal deletion）或阴性选择（negative selection）后，绝大多数表达自身抗原特异性受体的T细胞被清除。但由于个别自身抗原（如肌红蛋白和神经髓鞘蛋白）在胸腺中没有表达，故不能诱导未成熟T细胞的克隆清除。因此，正常情况下有一部分逃避了阴性选择的T细胞能在胸腺发育成熟，进入外周，故在健康人机体的外周免疫器官中，可发现具有潜在自身反应性的T细胞。如果用自身抗原（如髓鞘碱性蛋白）在体外刺激健康人或者动物外周血淋巴细胞，能够激活、扩增自身抗原特异性T细胞克隆。

正常情况下，这些表达自身抗原特异性受体的T细胞在外周会受到活性封闭（anergy）、凋亡、调节性T细胞（regulatory T cell）如CD4⁺CD25⁺T细胞亚群等耐受机制的调控，从而维持自身耐受，不会引起自身免疫应答。而在某些异常状态下，上述调控机制一旦失衡，那些具有自身免疫潜能的T细胞就会被激活，成为自身反应性T细胞，而这些自身反应性T细胞会进一步扩增聚集，从而诱发自身免疫病。

临床上，许多器官特异性自身免疫病如1型糖尿病、自身免疫学甲状腺炎、多发性硬化等都被认为主要由自身反应性T细胞介导。而其他常见自身免疫病如类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等发病也与自身反应性T细胞相关。因此，自身免疫病的一个治疗方向就是清除或抑制自身免疫性T细胞，如选择性T细胞共刺激调节剂阿巴西普（abatacept）。