包括外源性的危险信号-病原相关分子模式（pathogen-associated molecular pattern，PAMP）和内源性的危险信号-损伤相关分子模式（damage associated molecular pattern，DAMP）两大类物质。

固有免疫细胞区别“自我”或“非己”物质的过程涉及复杂的固有免疫识别机制，对固有免疫模式识别理论的认识主要经历了1989年美国免疫学家C.A.詹韦（Charles Alderson Janeway，1943～2003）提出的病原相关模式识别理论和1994年法国免疫学家P.C.E.马青格（Polly Celine Eveline Matzinger，1947～）提出的危险模式识别理论两个阶段。如何将这两种理论协调统一一直是科学家不断努力奋斗的目标，现今较为全面的危险模式理论认为，机体可感知病原微生物侵袭和自身组织损伤并启动相应的免疫应答，继而清除病原微生物并修复组织损伤，机体所识别的危险信号统称为危险相关分子模式。

PAMP是病原体相关的外源性危险信号，是指一类/一群特定病原体（及其产物）共有的某些非特异性、高度保守且对病原体生存和致病性必要的分子结构，不存在于人类细胞，可被固有免疫细胞的模式识别受体（pattern recognition receptor，PRR）所识别，是宿主固有免疫识别的分子基础。PAMP主要包括以下两类：以糖类和脂类为主的细菌胞壁成分，如革兰氏阴性菌的脂多糖（lipopolysaccharide，LPS）、革兰阳性菌的脂磷壁酸（lipoteichoicacid，LTA）、分枝杆菌的脂阿拉伯甘露聚糖（Lipoarabinomannan，LAM）、肽聚糖（peptidoglyca，PGN）、真菌多糖、葡聚糖等；病毒产物及细菌胞核成分，如非甲基化寡核苷酸CpG DNA、双链RNA（double-stranded RNA，dsRNA）、单链RNA（single-stranded RNA，ssRNA）等。

DAMP是自身细胞所释放的内源性的危险信号，指由机体自身细胞产生和释放的内源性分子，为启动固有免疫应答的另一类免疫原。可分为两类，分别来自胞内和胞外。一类为由应急细胞特别是受损或坏死组织细胞快速释放。细胞以一种称为无前导序列分泌蛋白（leaderless secretory protein，LSP）的形式释放内容物，蛋白进入胞外酸性环境中不能维持正确的蛋白折叠而迅速失活，成为免疫原性物质。主要包括高迁移率组蛋白B1（high mobility group protein B1，HMGB1）、热休克蛋白（heatshock protein，HSP）、尿酸结晶、肝癌来源的生长因子（hepatomaderived growth factor，HDGF）及S100蛋白等。另一类为在坏死细胞释放的蛋白酶和水解酶作用下诱导产生，主要包括胞外基质的解离片段和受损的基质成分，例如透明质酸和硫酸肝素。在机体损伤时产生的抗菌肽/防御素、氧自由基和神经介质等均可被视为损伤相关分子模式，参与抗原提呈细胞的活化。