大多数毒素作为毒力因子增强病害的发生程度，有些毒素为病原物致病性所必需，属于致病因子。

根据毒素产生的病原物种类分为真菌毒素、细菌毒素、线虫毒素等。根据毒素对不同寄主植物的选择性分为寄主专化性毒素（host-specific toxin）和非寄主专化性毒素（host-non-specific toxin）。寄主专化性毒素是一类对寄主植物和感病品种有较高致病性的毒素。这类毒素能够诱导感病寄主产生典型的病状，在病原菌侵染过程中起重要作用。主要由植物病原真菌产生。非寄主专化性毒素没有严格的寄主专化性和选择性，对寄主植物和一些非寄主植物都有一定的生理活性，使之发生全部或部分症状。多由植物病原细菌产生。只有少数植物病原真菌产生这类毒素。

产毒素病原菌引起的症状类型主要有4种，分别为萎蔫、坏死、褪绿以及水渍状。不同毒素对植物细胞的作用位点有细胞质膜、线粒体膜和叶绿体膜。毒素与膜受体结合后导致植物发生生理变化，如膜透性改变、氧化磷酸化解偶联以及光合作用失常等。

病原物毒素的产生受营养和代谢调控。营养调控主要表现在碳素和氮素对毒素合成的影响。例如，增加碳素可以增加或减少与碳代谢有关的毒素合成。代谢调控指毒素的合成途径（如苹果酸途径、TCA循环、脂肪酸途径等）对毒素合成的影响。