可以通过寄主品种的致病性（即毒性或毒力）的差异来区分。生理小种的概念由斯泰克曼（E. C. Stakman）于1914年研究麦类锈菌时发现并提出，后来陆续用于多数专性寄生菌和部分兼性寄生菌。在植物抗病育种中所利用的主要抗病类型是小种专化抗病性，抗病品种仅能对病原菌群体中个别或少数小种具有抗病性。针对抗病育种的需要，各个国家对主要农作物的重要病害进行了病原菌生理小种的鉴定和监测。如中国利用19个鉴别品种，发现并命名了小麦条锈菌的34个生理小种（CYR1～CYR34）。

生理小种间的毒性差异性是由品种抗病性表型间接反映出来的，由于鉴定所用品种数目有限，因此所了解的并不是小种间毒性差异的所有情形。生理小种的数目取决于鉴别寄主所具有的抗病基因，鉴别寄主不同生理小种也不同，变换鉴别寄主，甚至增添或撤除一个鉴别寄主，生理小种的鉴定体系就会被打乱。同一个名称的小种若来自不同地区或不同年代，实际上并不相同。同一名称的生理小种基因型可能不同，而不同基因型的菌株有可能被鉴定为一个小种。因此，生理小种的概念具有相对性。