病原物的寄生专化性存在种内变化，在同一物种的病原菌群体内，对植物属、种的寄主和致病力并不相同。有些病原物虽然在种的水平上与其寄主植物可以发生亲和关系，但其群体内不同的组分对该种植物不同品种的致病性可能有很大差异，有的甚至不能致病。因此，可根据病原物对不同寄主植物品种的致病性，将该种病原物划分为多个小种（或生理小种）。有时将这种小种对品种水平上的致病力特称为毒力（virulence）。专性寄生菌如锈菌、白粉菌、霜霉菌等，具有严格的寄生专化性和高度的致病性分化，种群内部分化出众多的小种。

在真菌和卵菌的物种内，可根据寄主范围（属、种）的不同，进一步将病原物划分为变种和专化型。变种（variety，缩写为var.）之间除了寄主专化性的差异外，形态特征或生理性状也有所不同。专化型（formae speciales，缩写为f. sp.）之间并无形态差异，但对寄主植物的属或种的专化性不同。例如，尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum Schlecht.）种内专化型超过120个。寄主和病原物寄生性分化的确定，主要依据植物受病原物侵染发病后的症状表现，所反映出来的并不完全是寄生性的差异。此种“寄生专化性”可以理解为致病性或毒性的差异。变种内可进一步区分为专化型。

细菌也存在致病性分化，在其种下设置致病变种（pathovar，缩写为pv.），是根据其寄主范围和致病性来划分的组群，类似于植物病原真菌的专化型。例如，野油菜黄单胞菌（Xanthomonas campestris(Pammel) Dowson）在种内分化出120多个致病变种。在致病变种之下，还可依据对鉴别品种的致病反应，再划分为“生理小种”或“致病型”。例如，利用鉴别品种鉴定了野油菜黄单胞菌野油菜变种（X. campestris pv.Campestris (Pammel) Dowson）的9个生理小种。

植物病毒的株系（strain）则用以反映寄主专化性、致病性、血清学特点或介体传毒专化性的差异，情况比较复杂。例如，烟草花叶病毒（tobacco mosaic virus, TMV）的普通株系（TMV-C）、番茄株系（TMV-Tom）、黄色花叶株系（TMV-YM）和环斑株系（TMV-RS），分别在三生烟、白肋烟、番茄、洋酸浆等寄主上表现的症状类型均不相同。

植物病原线虫种的群体内也存在致病力分化的现象，依据致病力的差异将线虫可区分为不同的生理小种。例如，大豆胞囊线虫（Heterodera glycinesIchinohe），利用4个鉴别寄主将大豆胞囊线虫分为16个生理小种，利用此鉴别体系，在中国黄淮地区发现大豆胞囊线虫群体10个不同类型的生理小种。

在进行抗病性研究和品种抗病性鉴定时，针对的是病原物的具体类群，如不同的专化型、生理小种、致病变种或株系，采用的病原物菌种是特定类群病株的代表性菌株或毒株。