经典的沉淀反应是指可溶性抗原与其抗体反应产生可见沉淀现象的血清学试验。1897年，R.克劳斯^[注]首先发现可溶性抗原与抗血清反应后出现可见的沉淀现象，建立了沉淀反应试验。1975年，S.W.凯斯勒^[注]利用蛋白A^[注]与抗体-抗原免疫复合物中的抗体相互作用特性，建立了快速的细胞中蛋白质抗原免疫沉淀^[注]分离技术（图1），从而奠定了现代免疫沉淀技术的应用。在免疫沉淀的基础上，又先后建立了多种目的蛋白富集分离技术，其一是沉降（pull-down）实验，其原理与免疫沉淀方法类似，不同之处在于使用诱饵蛋白代替了免疫沉淀中的抗体，可用于检测或分离与已知蛋白相互作用的目的蛋白。在沉降实验中，带有标签的诱饵蛋白被固化在琼脂糖凝胶或琼脂糖微珠载体上，再与含有待测猎物蛋白的样品共孵育，形成微珠-诱饵蛋白-猎物蛋白复合物，从而达到分离和富集猎物蛋白的目的（图2）。另一种是串联亲和纯化（TAP^[注]）技术，该技术通过两步特异性亲和层析分离出与目的蛋白相互作用的蛋白质。如果免疫沉淀的对象不是蛋白质复合物，而是DNA-蛋白质复合物（染色质）时，相应的免疫沉淀实验又称为DNA免疫沉淀或染色质免疫沉淀（ChIP^[注]），可用于细胞内DNA与蛋白质相互作用的研究。

图1 免疫沉淀原理图2 免疫沉降原理

抗体与细胞培养上清或细胞裂解液中的相应抗原结合，再利用固相化的蛋白A/G^[注]或二抗偶联的琼脂糖凝胶或琼脂糖微珠与抗原抗体复合物中的抗体结合，通过离心沉淀分离获得微珠-蛋白A/G-抗体-目的抗原复合物，再将抗原、抗体和微珠解离，从而达到富集和分离抗原的目的。  

①裂解细胞：在合适的细胞裂解液（含有蛋白酶抑制剂）中裂解细胞，使蛋白质尽可能保持天然状态。②抗原-抗体免疫复合物形成：在细胞裂解液中加入待测目的蛋白的特异抗体。③抗原-抗体复合物沉淀：加入蛋白A/G与抗体-抗原复合物共孵育，再通过离心沉淀微珠-抗体-抗原复合物。④免疫复合物洗涤：利用洗涤缓冲液尽可能地去除免疫沉淀中的非特异结合物。⑤十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE^[注]）分离抗原-抗体复合物：通过煮沸变性等方法使抗原抗体从微珠上解离，再经SDS-PAGE电泳分离目的蛋白。⑥转膜及免疫杂交检测：将凝胶电泳分离的蛋白转移至膜上，再利用特异性抗体检测相应的目的蛋白。

根据其反应原理可以分为两大类，一类是单一抗原抗体的免疫沉淀（IP），即如前所述的利用抗原抗体反应形成免疫复合物，再加入蛋白A/G或二抗偶联的微珠形成微珠-蛋白A/G-抗体-靶蛋白复合物沉淀，从而达到富集分离及鉴定目的蛋白质的目的。另一类是免疫共沉淀（co-IP^[注]），主要用于研究蛋白质相互作用，是确定两种蛋白质在哺乳细胞内相互作用的有效方法。其原理是在细胞裂解液中加入抗诱饵蛋白抗体，再加入蛋白A/G或二抗偶联的微珠形成微珠-蛋白A/G-抗诱饵蛋白抗体-诱饵蛋白-猎物蛋白复合物沉淀，从而达到富集分离及鉴定诱饵蛋白与猎物蛋白相互作用的目的。

免疫沉淀技术主要用于细胞以及组织中微量的可溶性靶蛋白表达水平分析，以及靶蛋白与其他蛋白质间相互作用的研究。该技术的优点：①与免疫印迹法（Western blotting）比较，由于经过免疫沉淀的抗原富集过程，因此，可以检测组织及细胞中更微量的蛋白质。②由于免疫沉淀过程除去了大量的非目的蛋白，因此，电泳后的条带减少，极大地提高了检测分辨率。③细胞内蛋白处于天然状态，免疫共沉淀可以更真实地反映细胞内天然蛋白的相互作用情况。