这一过程涉及复杂的固有免疫识别机制，1989年美国免疫学家C.A.詹韦^[注]提出了固有免疫的“模式识别理论”，即固有免疫系统通过产生一系列由有限数量的胚系基因编码的保守性识别受体来识别病原体所特有的保守性分子模式，从而区分“非己”物质，并选择合适的方式将其清除。固有免疫针对的主要靶分子信号称作病原相关分子模式（pathogen-associated molecular pattern，PAMP）；相对应的识别受体称为模式识别受体（pattern recognition receptor，PRR）。在此基础上，1994年法国免疫学家P.C.E.马青格^[注]提出免疫识别的“危险模式理论^[注]”，认为启动机体免疫应答的关键因素是机体细胞受损后产生的“危险信号”。不论机体自身或外界因素发生任何改变，免疫系统只在意对机体是否构成危害，只要出现能够被机体识别的危险信号就可以诱发效应细胞的活化。

固有免疫应答是由固有免疫识别“危险信号”后启动的，PAMP是病原体相关的外源性的危险信号，损伤相关的分子模式（damage associated molecular pattern，DAMP）是自身细胞所释放的内源性的危险信号。PAMP是指一类或一群特定病原体（及其产物）共有的某些非特异性、高度保守且对病原体生存和致病性必要的分子结构，不存在于人类细胞中，可被PRR所识别，是宿主固有免疫识别的分子基础。PAMP主要包括以糖类和脂类为主的细菌胞壁成分、病毒产物及细菌胞核成分。DAMP指由机体自身细胞产生和释放的内源性分子，分为两类，分别来自胞内和胞外。一类为由应急细胞特别是受损或坏死组织细胞快速释放。另一类为在坏死细胞释放的蛋白酶和水解酶作用下诱导产生，主要包括胞外基质的解离片段和受损的基质成分。

PRR是固有免疫细胞用于识别PAMP/DAMP分子的受体。PRR是一类主要表达于固有免疫细胞表面、内体、溶酶体、细胞质中的非克隆性分布、可识别一种或多种PAMP/DAMP的识别分子。根据PRR的功能可将其分为可溶型PRR、细胞吞噬型PRR和信号转导型PRR。可溶型PRR是PRR的游离形式，又称模式识别分子，在识别PAMP/DAMP的同时具有效应功能，参与炎症反应和对病原体的清除。可溶型PRR主要包括五聚体蛋白、胶原凝集素、聚糖素、脂多糖识别蛋白、识别糖类的天然抗体等。细胞吞噬型PRR是表达在固有免疫细胞表面的多种跨膜受体，识别PAMP和DAMP，介导病原体的吞噬作用，包括甘露糖受体、清道夫受体、甲酰甲硫氨酰肽受体、补体受体。信号转导型PRR与PAMP/DAMP结合后，能够通过选择性或者特定性的信号转导途径诱导不同的基因表达，活化细胞，产生一系列免疫效应分子，发挥生物学功能。PRR根据其结构主要分Toll样受体家族（TLR，见图）、视黄酸诱导基因Ⅰ样受体家族和NOD样受体家族三大类，其中TLR是研究最多也是最为重要的PRR。

小鼠Toll样受体3的胞外结构域与双链RNA结合