大部分病原菌都具有保守的分子特征，即PAMP，当病原菌接触植物表层的时候，PAMP被寄主细胞膜表面的PRR所识别，激活PRR及其下游信号通路引起PTI，抑制病原菌的侵染与增殖。PTI是植物抵抗病原菌及害虫破坏的第一道防线，称为“基础抗性”，它通常可以使植物具有抵抗大多数病原菌侵染的基本抗病能力。细菌的鞭毛蛋白、脂多糖、延伸因子Tu（elongation factor-Tu），真菌细胞壁的几丁质及卵菌的葡萄糖苷都可以被植物细胞表面的受体识别从而触发PTI。在PAMP中，在PRR与识别病原菌前，寄主细胞表面受体的二聚化对细胞内信号的传递起着重要作用。细菌flg22诱导的FLS2信号通路中，感受到假单胞菌侵染后，拟南芥中细胞表面的FLS2与另外一个受体类激酶（RLKs）BAK1快速形成二聚体。FLS2与BAK1形成的复合体识别细菌鞭毛蛋白激发寄主细胞内MAPK信号级联途径，进而操控转录因子调节寄主细胞内抗病基因的表达，对病原菌呈抗病反应。病原菌中能够触发PTI的PAMP分子在进化上是相对保守的，与之相对应的是植物中相对稳定并可遗传的PRRs。无论是病原菌的PAMP还是植物中的PRRs，都不是恒定不变的。在长期进化过程中，在选择压力的支配下，两者无论在结构、种类还是数量上都是不断变化着的。