寄主诱导基因沉默，即通过RNAi 结构对攻击寄主植物的病原物目的基因的表达进行干扰，最终使病原物相关基因沉默。

HIGS技术是对病毒介导的基因沉默^[注]技术的进一步发展，已成为一种了解植物病原物与寄主相互作用和控制病害的工具。

HIGS是在VIGS的基础上发展起来的，是转录后基因沉默^[注]-RNA沉默的一种表现。科学家对PTGS机制的研究已经做了大量的工作，认识到PTGS可以被长的dsRNA或者发卡结构的RNA诱导产生。在真菌中发现了PTGS过程中的同源基因和酶，HIGS和VIGS机制类似，可分为以下三个主要阶段。

起始阶段。包括dsRNA的导入、识别和小干扰RNA的形成。dsRNA可通过转基因、转座子、病毒感染等多种途径由外源导入；dsRNA被识别后即被核酸内切酶（RNAse Ⅲ）切割成长度为21～35个核苷酸的RNA片段（siRNA）。

效应阶段。双链siRNA在RNA解旋酶的作用下解链成正义链和反义链，继之由反义siRNA再与体内一些酶（包括内切酶、外切酶、螺旋酶）或蛋白结合，形成RNA诱导沉默复合体^[注]。在ATP存在的情况下，被激活的RISC以单链siRNA作为向导，通过碱基互补配对原则，以序列特异性的方式引导Argonaute蛋白与靶标分子结合去寻找与之互补的靶mRNA。靶mRNA分子被Argonaute蛋白识别之后会被切割或者抑制翻译，最终被细胞降解。

信号放大阶段。活化的RISC结合mRNA后，内切核酸酶将mRNA切割成21～35nt的片段，抑制了靶基因的表达。同时释放出来的siRNA可以作为引导物，在RNA依赖的RNA聚合酶（RdRP）作用下，以靶mRNA为模板合成新的dsRNA，后者又被降解为新的siRNA，进入上述循环，呈放大效应。

植物可通过RNAi抑制病毒病或细菌病，而且当植物体内带有合适的反义RNA或RNAi结构时，其抗病性增强。平托等将水稻黄斑驳病毒复制所需酶的部分序列转入水稻，诱发病毒基因沉默，使水稻具有了抗黄斑驳病毒的特性。曼苏尔等将棉花曲叶病毒的DNA-B的部分编码区和部分非编码区片段导入烟草，获得了抗曲叶病毒的烟草植株。另一方面，在根癌农杆菌引起的冠瘿病研究中，利用RNAi技术也有效地提高了植物的抗病性。卡蒂亚尔·阿加瓦尔和吉恩证实了植物受病原细菌的侵染后，其体内的miRNAs量增高，说明这些小分子RNA参与了细菌-植物之间的互作。

在线虫研究中较早使用，布特拉等证明在烟草中表达GFPdsRNA 可沉默转基因秀丽小杆线虫中GFP的表达。黄等在拟南芥中表达根结线虫寄生相关基因16D10的dsRNA，获得了对四种根结线虫的抗性。在烟草中表达 MjTis11 基因诱导RNAi，也可以抑制取食根结线虫中的目标基因（费尔贝恩等）。另外，利用病毒感染植物寄主产生双链RNA，也可以实现基因沉默（古玛等）。针对农业昆虫，毛等报道，棉铃虫取食表达p450基因双链RNA的棉花叶片后，体内p450基因表达量下降，结果对棉酚的耐受性大大降低，导致生长缓慢甚至死亡。

RNA干扰技术也开始应用于真菌-植物相互作用的研究，主要包括白粉菌、锈菌以及赤霉菌等活体或半活体专性寄生真菌。对于活体专性寄生真菌来说，由于缺少有效的遗传转化体系，长期以来其基因功能研究受到阻碍，HIGS技术的应用加快了专性活体营养型病原菌的基因功能研究。