伯内特出生于澳大利亚维多利亚的特拉拉尔根，1924年获得墨尔本大学的医学博士学位，1928年获得伦敦大学的哲学博士学位，工作于墨尔本的沃尔特和伊丽莎研究所，1944年成为该所的主任。伯内特是澳大利亚科学院的奠基人之一，于1965年至1969年担任科学院的主席。伯内特在微生物学领域做出了很多的贡献，发现了Q热和鹦鹉病的病因，发展了分离、培养和检测流感病毒的方法，描述了流感病毒株的基因重组现象，证明了多发性黏液瘤病毒不会导致人类的疾病。

伯内特在微生物学领域做出了很多重要的成果，但最重要的贡献还是在免疫学领域。1945年至1947年间，美国免疫学家R.D.欧文（Ray David Owen，1915～2014）发现了子宫内循环系统相互交联的牛双胞胎出生后，它们的血液系统是相互嵌合的，外周血含有自身的和对方的红细胞，更为重要的是，它们对来自于对方的抗原均表现为免疫耐受，对方的组织细胞注射或者移植到体内并不会引起免疫应答。这一实验现象引起了伯内特的重视，他在1949年与澳大利亚病毒学家F.J.芬纳（Frank John Fenner，1914～2010）共同出版的专著《抗体的产生》（the Production of Antibodies）第二版中，提出了对欧文这一实验现象的理论解释，即著名的获得性免疫耐受理论。伯内特提出机体在胚胎发育的较晚期才能够针对外源的物质产生免疫应答，在胚胎发育的早期机体的免疫系统还没有成熟，不会发生免疫应答，此时机体对所遇到的所有抗原均会标记上“自我”的标记，包括进入机体的外来抗原，机体都会将其当作是自体的物质，当免疫系统成熟后再遇到这种物质时，就无法诱导机体产生免疫应答。这一理论很好地解释了欧文发现的现象。因为这种免疫耐受并不是机体先天就有的，而是后天获得的，所以这种现象称为获得性免疫耐受现象，这一理论称为获得性免疫耐受理论。

伯内特还提出了抗体产生的克隆选择学说。1955年，丹麦免疫学家N.J.杰尼（Niels Kaj Jerne，1911 ～1994）提出了抗体产生的自然选择理论，这个理论是免疫化学时代之后提出的第一个选择理论，该理论认为抗原在抗体的合成中并不是起“模板”的作用，而只是起“选择”的作用，机体内早就存在着庞大种类的抗体库，抗原只是从中选择出能够与其特异性结合的抗体，然后机体大量合成这种抗体。杰尼提出的自然选择理论具有重要的意义，一方面它终结了抗体产生的抗原指导理论，另一方面也促使伯内特提出了著名的抗体产生的克隆选择学说。伯内特的克隆选择学说相比于杰尼的自然选择理论，着重强调了细胞克隆在抗体产生过程中的重要作用。伯内特提出一个抗体合成细胞只能表达一种或者少数几种抗体，一旦抗原“选择”了其相应的抗体，那么表达该抗体的细胞就会活化克隆增殖，增殖后的子代细胞仍然能够合成与母代细胞相同的抗体。伯内特最早提出了细胞动力学在抗体合成过程中的重要作用。伯内特的抗体产生的克隆选择学说最终终结了抗原指导理论，标志着免疫学从免疫化学时代回归到了以生物医学为研究主流的方向中来。伯内特提出的克隆选择学说成为第二次世界大战后现代免疫学的中心理论，其意义不亚于他所提出的获得性免疫耐受理论。