兔形类具有2对上门齿因而最初被称为双门齿亚目（Duplicidentata），而啮齿类只有1对上门齿而相应地被称为单门齿亚目（Simplicidentata）。200多年的研究历程中，曾不断有人质疑兔形类与啮齿类之间的亲缘关系。不过随着研究的逐步深入，兔形类和啮齿类早已分别被提升为兔形目和啮齿目，已有的化石、形态学和分子生物学的证据，绝大多数都强烈支持兔形目与啮齿目亲缘关系最近的观点。传统的形态学研究显示啮型类（包括啮齿目、兔形目和一些早期的不好归入这两个目的基干类群）与非洲的象鼻鼩或象鼩目（Macroscelidea）系统发育关系上最亲近，并一起构成􀋡兽目（Anagalida）；不过，分子生物学的证据则支持啮型类的冠类群（仅包括现生兔形类和啮齿类）与真魁兽大目（Euarchonta，包括皮翼目、攀鼩目、灵长目和近兔猴形目）最亲近，并一起构成所谓的真魁兽啮型类（euarchonoglires）。结合分子生物学与传统形态学的系统发育分析，更支持啮型类与真魁兽类构成真魁兽啮型类的观点。化石记录上，除了大量被归入兔形目和啮齿目中较晚期的进步种类之外，还有一些形态上介于两个目之间的早期基干类型，它们也被归入啮型类。最早的啮型类化石均出自亚洲早古新世晚期（约6200万年前）地层中，如宽臼兽科（Eurymylidae）中的晓鼠（Heomys）和模鼠兔科（Mimotonidae）中的模鼠兔（Mimotona）。因此，亚洲通常被认为是啮型类的起源中心。啮型类从晚古新世开始变得异常繁盛，逐步演化出许多中途灭绝掉的化石种类及存活到现今的啮齿目和兔形目动物，成为哺乳动物中种类最多的门类。