在澳大利亚，基因技术管理办公室负责监管转基因生物的相关工作，包括实验室研究、田间试验、商业化种植以及饲用批准。食品标准局负责对利用转基因产品加工的食品进行上市前必要的安全评价工作，并设定食品安全标准和标识要求。

《基因技术法案》于2001年6月21日生效，其目的是通过鉴定基因技术产品是否带来或引起风险，以及对特定的转基因生物操作进行监管来管理这些风险，进而保护公民的健康和安全，保护环境。为实施该法案，2001年制定了《基因技术法规》以及澳大利亚政府和各州各地区间的《基因技术政府间协议》，以及各州各地区的相关法规，并在法规下制定了相应的技术指南。2007年对《基因技术法案》和《基因技术法规》进行了修订。

基因技术管理办公室依据《基因技术法案》对转基因生物进行管理。根据《基因技术法案》的规定，转基因生物试验、研制、生产、制造、加工、育种、繁殖，在非转基因产品生产过程中使用转基因生物，种植、养殖或组织培养转基因生物；进口、运输、处置转基因生物等活动均适用于该法。管理的活动类型包括：①免于管制的活动；②显著低风险的活动；③无意释放到环境中去的活动；④有意释放到环境中去的活动；⑤转基因生物注册；⑥无意活动；⑦应急活动。

对于需要获得许可证的转基因生物相关管理工作，是根据《基因技术法案》《基因技术管理条例》以及州/特区政府相关立法中规定的关于许可证申请的监管评估要求进行的。每个许可证申请中的风险评估和风险管理计划是决定签发许可证与否的基础。

根据《澳大利亚/新西兰食品标准法典》条款1.5.2规定，要求对来源于转基因植物、动物和微生物的食品进行监管。食品标准局代表澳大利亚联邦政府、州/特区政府和新西兰政府开展转基因食品的安全评价。该条款还对转基因食品的标识进行了规定，规定于2001年12月开始实施。