南非1997年颁布的《转基因生物法》是对涉及转基因产品有关的任何活动可能引起的潜在风险进行科学、逐案评估的监管法规。

作为南非主要转基因生物法规，《转基因生物法》及其附属法规由南非农业部、林业部和渔业部实施。依照《转基因生物法》，南非建立了决策机构（执行委员会）、顾问机构（顾问委员会）和行政机构（转基因生物注册处），目的是提供措施以促进负责任地开发、生产、使用和应用转基因生物；确保涉及转基因生物使用的所有活动都是以尽量降低对环境、人类以及动物健康造成危害的方式实施；注重事故预防和废物有效管理；针对涉及转基因生物使用的相关活动产生的潜在风险制定措施；确定风险评估的必要要求和标准；建立涉及转基因生物使用的具体活动的通知程序。

2005年，南非内阁修订了《转基因生物法》，以使之与《卡塔赫纳生物安全议定书》保持一致，并于2006年为解决一些经济和环境问题再次修订《转基因生物法》。这些修订于2007年4月17日公布，在2010年2月生效。修订的《转基因生物法》没有修改之前的前言，该前言确定了立法的基本总体宗旨，即在促进基因工程技术发展的同时满足生物安全需求。《转基因生物法》的修正案明确规定，科学的风险评估是决策制定的先决条件，该修订案还允许在决策过程中考虑社会经济因素，并认为社会经济因素是决策过程中特别重要的因素。

2004年《国家环境生物多样性法》第78条规定，如果转基因生物可能给任何本地物种或环境造成威胁，那么环境事务部长有权拒绝《转基因生物法》发放的全面或试验释放许可，除非实施了环境评估。因为《国家环境生物多样性法》的相关规定，南非实施的转基因生物环境评估数量较少。

2011年4月1日生效的《南非消费者保护法》中规定的转基因产品强制性标识条款被暂停执行。《食品、化妆品和消毒剂法》是南非转基因产品标识要求的规定，该法案只强制要求某些情况下的转基因食品需要进行标识，这些情况包括存在过敏原或者人类或动物蛋白时，以及转基因食品与非转基因食品差异显著时。