特别工作组的目标是：确保在风险分析/安全评价过程中需要的信息，以及信息的获得方式在各个国家之间尽可能相同，从而达成共识，鼓励各国间信息共享，提高安全评价的效率，避免重复劳动，减少贸易阻碍。

新型食品和饲料安全特别工作组主要任务是制定特定新型作物成分分析的共识性文件。从2002年起，发布了植物及其产品主要成分共识性文件，包括关键营养因子、有毒物质、抗营养因子、过敏原等信息，如《大豆新品种成分的共识文件：食品和饲料的关键营养素与抗营养成分》《低芥酸油菜（双低油菜）中关键营养素与毒素的共识文件》《亚洲栽培稻新品种成分的共识文件：食品与饲料的关键营养素和抗营养成分》等。此外，特别工作组还出版了一些文件，如《基因工程植物来源的动物饲料安全评价考虑》《现代生物技术植物的分子特征》等，以指导促进各国评价工作的协调统一。这些共识性文件为生物安全管理人员和评价人员开展转基因生物食用安全评价提供了一系列实用性工具。到2016年，已正式发布25个共识性文件，涉及主要农作物、蘑菇、动物饲料等。

特别工作组采纳考虑非成员经济体的经验、科学知识和相关利益，从而使它能够解决更广泛的食品和饲料相关的全球利益。例如，南非、巴西和泰国参与起草了木薯、甘薯、木瓜、甘蔗、高粱的成分分析共识性文件，来自阿根廷、孟加拉、印度、拉脱维亚、印度尼西亚、肯尼亚、摩尔多瓦、巴拉圭、菲律宾、俄罗斯联邦、越南和非洲生物安全专家网络的专家也参与到特别工作组的共识性文件研究中。