工作组的主持国为日本，主要制定生物技术食品的标准、准则或其他原则，国际食品法典委员会成员国代表及国际组织和非政府组织的观察员参加工作组会议。2000年至2007年，连续7年在日本召开会议，其后工作会议解散。2000年，工作组在日本召开了第一次工作组会议，发布了《关于转基因植物性食物的健康安全问题》的文件。共通过四项评估准则，分别是《现代生物技术食品的安全风险分析原则》（CAC/GL44—2003，2011年修订）、《重组DNA植物食品安全评价指南》（CAC/GL45—2003，2008年修订）、《重组DNA微生物食品安全评价指南》（CAC/GL46—2003）和《重组DNA动物食品安全评价指南》（CAC/GL44—2008）。这些原则和指南已成为国际上转基因生物食用安全评价的通用准则。

工作组在生物技术食品方面，与相关的法典委员会在各自授权的范围内进行协调和密切合作，并充分考虑各国政府机构、联合国粮食及农业组织（FAO）、世界卫生组织（WHO）、其他国际组织和相关国际领域的现有工作。食品法典制定了关于现代生物技术食品标签的文本，在生物技术方面的作用主要涉及食品安全的风险评估。旨在确定是否存在危害、营养或其他安全问题，如问题存在，则收集有关其性质和严重性的信息。风险评估包括安全评估，包括将现代生物技术食品与其常规对应物进行比较，重点确定相似性和差异性。