依据《农业转基因生物安全评价管理办法》要求，于2002年在农业部（现农业农村部）科技教育司下设立。其主要职责任务为：组织拟定和实施农业生物技术与安全管理的政策、法规、规划、计划和技术规范；组织全国农业转基因生物安全的监督管理；统一受理农业转基因生物的安全评价申请、标识审查认可申请和进口申请，审批与发放有关证书、批件；负责国家农业转基因生物安全评价与检测机构的认证、管理和安全监测体系建设；负责农业转基因生物安全管理信息发布、宣传报道、资料统计和对外合作交流；协调、落实国务院农业转基因生物安全管理部际联席会议决定事项，承办国家农业转基因生物安全委员会的日常工作等。