农业转基因生物安全管理部际联席会议制度由国务院于2007年制定，目的是为了强化各有关部门的协调配合，加强农业转基因生物安全管理，包括农业部（现农业农村部）、教育部等11个单位，其中农业部为牵头单位。联席会议办公室设在农业部，承担日常工作。农业转基因生物安全管理部际联席会议主要职能为：贯彻落实国务院关于农业转基因生物安全管理的决策和部署；研究农业转基因生物安全管理工作的重大政策，提出有关政策建议；修订和完善《农业转基因生物安全管理条例》及配套规章；研究协调部门间联合执法与行政监管等重大事项；研究协调农业转基因生物安全管理能力建设事项；研究协调应对农业转基因生物安全重大突发事件；制定、调整农业转基因生物标识目录等。部际联席会议原则上每年举行一次，根据工作需要可临时召开全体会议或部分成员会议。会议由召集人或召集人的委托人主持。各成员单位提出的议题，提前报部际联席会议办公室。部际联席会议以会议纪要形式明确议定事项，经与会单位同意后印发相关部门，同时抄报国务院。