基于对转基因技术可能存在的潜在风险的清醒认识，世界各国普遍重视风险评估并遵循全球公认的评价指南，建立了全面系统的转基因生物安全管理法规制度，以保障人体健康和动植物、微生物安全，保护生态环境，促进转基因生物技术健康发展。由于在农业、环境与生物多样性以及经济、贸易和文化等方面存在的差异，各国根据本国利益需求和国情，对转基因生物安全管理单独立法或者纳入其他法律，制定的转基因安全管理制度及法规不尽相同。

转基因生物安全管理法规主要分为基于产品的管理模式和基于过程的管理模式。部分国家和地区，如美国遵循“可靠科学原则”，实行以产品为基础的管理模式，即强调产品本身是否确有实质性的安全问题，而不在于是否采用了转基因技术，只有可靠的科学证据证明存在风险并可能导致损害时，政府才采取管制措施；风险分析中采用产品实质等同性原则，不单独立法，而是实施多部门分工协作的管理体系。部分国家和地区，如欧盟采用基于过程的管理模式，即关注研发过程中是否采用了转基因技术，凡是采用了转基因技术就认为可能存在风险，需要通过专门的法规加以管理和限制；在风险分析中采用预防性原则，并单独立法，实施专门统一管理的管理体系。中国农业转基因安全管理遵循国际通行指南，综合借鉴美国和欧盟做法，转基因安全管理既针对产品又针对过程。