所罗门群岛内战的爆发不是偶然的，是多种因素共同作用的结果。

日益激化的民族矛盾是引发内战的历史原因。第二次世界大战期间，美军在占领瓜达尔卡纳尔岛后招募了大量马莱塔人到该岛从事军需搬运和后勤工作。这些马莱塔人后来就在该岛定居下来，从事城市工商业，并廉价购得了大片土地。1978年所罗门群岛独立后，马莱塔人又控制了该国政府的主要部门。瓜达尔卡纳尔人因政治经济地位的下降而对马莱塔人的积怨越来越深。

社会动荡是引发内战的现实原因。20世纪90年代末，由于政府管理不善导致经济下滑，犯罪率上升，社会与民族矛盾加剧。

执政党和反对党的政治斗争是引发内战的直接原因。在1997年大选中，所罗门群岛总理S.马马洛尼（1989～1993年、1994～1997年在任）等政客因曾接受马来西亚木材商贿赂而败北，失去执政权。为了破坏B.乌卢法阿卢政府（1997～2000）的稳定，马马洛尼不仅组织反对党联盟向现政府发难，还操纵所罗门群岛国内民族分裂势力，致使政局不稳，社会动荡。

1998年11月，瓜达尔卡纳尔省长E.阿莱布亚（1998～2003年在任）要求中央政府就利用霍尼亚拉作为所罗门群岛首都一事给予当地人巨额“赔偿”。与此同时，瓜达尔卡纳尔岛南部天气海岸出现数个由当地下层社会青年组成的社团，这些社团武力恐吓瓜达尔卡纳尔岛的马莱塔人，致使数万生活在农村地区的马莱塔人被迫放弃家园逃往马莱塔岛或霍尼亚拉。

1999年末，马莱塔人为了报仇成立了“马莱塔之鹰武装”。至2000年5月，尽管所罗门群岛政府为解决冲突采取了各种措施，但是形势不断恶化。2000年6月4日，马莱塔之鹰武装组织发动了一场武装政变，并软禁了总理乌卢法阿卢。该组织要求现总理必须辞职；政府对丧失家园的马莱塔人给予足够赔偿。30日，国民议会选举M.D.索加瓦尔为新总理。

2000年8月，伊萨塔布自由运动与马莱塔之鹰武装达成停火协议。2000年10月，马莱塔之鹰武装、伊萨塔布自由运动和所罗门群岛政府在澳大利亚的汤斯维尔签订了一份和平协议。2001年2月，马劳之鹰武装、伊萨塔布自由运动、瓜达尔卡纳尔省政府和所罗门群岛政府又签署了马劳和平协议。但是，所罗门群岛军阀H.科克拒绝签署上述协议，导致伊萨塔布自由运动组织分裂。在随后的两年里，冲突转移至天气海岸。2001年大选之后，霍尼亚拉的武装分子开始将注意力转向犯罪和敲诈勒索，社会治安日益恶化，使得所罗门群岛政府不得不向外界寻求帮助。

2003年7月，由澳大利亚领导的赴所罗门群岛地区援助团进驻所罗门群岛，所罗门群岛内战最终得以平息。