森林土壤有机质的分解过程比较复杂，大致分为两个阶段：①机械作用阶段。由于物理的和生物的作用，动植物遗体被土壤动物和微生物摄食，成为颗粒和碎屑，即碎裂。②生物异化作用阶段。腐生生物在微生物和酶的作用下，将有机物碎屑转变成为腐殖酸和其他可溶性有机物，即从聚合体变成单体，然后腐殖酸和其他可溶性有机物缓慢分解，逐步变成生产者可以重新利用的无机物以及二氧化碳和水等。

上述两个过程是交叉进行、相互影响的。例如：在叶的分解过程中，当叶还在植物体上时，微生物已经开始分解作用，枯枝败叶一旦落到地面，就为细菌、真菌、线菌和放线菌等微生物分解，同时也被一些无脊椎动物如蜈蚣、弹尾、蚯蚓等摄食，大量的未被消化的有机物残体通过消化道排出，使叶等有机物暴露面积增加十多倍，更容易被微生物分解。因此大部分分解者既是消费者又是分解者。

有机残体进入土壤，被分解者开始分解后，物理的和生物的分解复杂性一般随时间的推移而增加，分解者生物的多样性也增加。随森林土壤有机质分解过程的进展，分解速度逐渐降低，待分解的有机物的多样性也降低，直到最后都还原成为无机物。