由铁路南京南站、南京汽车客运南站、南京机场城市候机楼、地铁站、公交站、出租车场、社会车辆停车场等组成。实现了高速铁路、城际铁路、地铁、地面公交、出租车、社会车辆等多种交通方式的综合立体换乘。
南京南站综合客运枢纽为铁路主导型综合客运枢纽。其中铁路南京南站共15站台28线,于2011年6月28日正式投入运营,连接了京沪高速铁路、沪汉蓉高速铁路、宁杭城际铁路、宁安城际铁路等;南京汽车客运南站开通了发往江苏、安徽等省份的长短途客运班线;城市候机楼开通了至南京禄口机场的旅客班车,提供航班查询、值机订座、机场巴士、行李托运等一站式服务;地铁站是南京地铁1、3、S1、S3线的换乘站。
南京南站综合客运枢纽以铁路南京南站为核心,围绕换乘广场布置了很多功能设施:广场中心为地铁站进出站口,南北广场设高架送站平台,南广场设汽车客运南站、城市候机楼、公交站、出租车、社会车辆上下客区,北广场设公交站、出租车、社会车辆上下客区。