饲料微生物污染防控在动物养殖和饲料生产中有重要作用。污染饲料的微生物主要是细菌和霉菌。被细菌和霉菌污染的饲料可产生一系列的危害，主要有：有些微生物可以通过分泌脂肪酶、淀粉酶、蛋白酶来分解饲料中的营养成分，导致饲料酸度增高、营养价值降低；一些微生物代谢可改变饲料色度、适口性等，从而降低饲料品质；污染饲料的细菌，大多数是有害菌，如沙门氏菌、志贺氏菌、肺炎克雷伯氏菌、阴沟肠杆菌、金黄色葡萄球菌、单核细胞增生李斯特氏菌等，均可以通过饲料对动物和人产生危害；污染饲料的霉菌生长条件要求低，产生的毒素可对动物各个器官造成较大损伤。饲料中细菌数量和霉菌毒素含量是世界各国制定《饲料卫生标准》时重点限制的指标。

饲料细菌污染的防控措施主要有：在生产、储藏等环节，做好环境温、湿度控制；使用抑菌剂抑制有害菌的生长；完善管理措施，做到“两头检”，合理布局生产厂区，加强卫生管理等；对已被细菌污染的饲料采用γ -射线辐射和紫外线照射进行杀菌处理。

饲料霉菌的污染主要产生于作物种植、收获和贮藏过程中，防控难度大，主要的防控措施有：①物理控制法。采用封闭隔氧贮藏、低温通风贮藏等物理措施控制饲料原料、饲料产品贮藏环境的温度和湿度。中国通常采用低温通风贮藏方法，即采取低温与机械通风相结合的方法，使饲料达到安全水分含量，不仅适用于颗粒饲料，而且对水分含量较高的饲料原料和粉状饲料效果也较好。对已经被霉菌污染的饲料原料和饲料产品也可以通过γ-射线辐射进行灭菌。②化学控制法。在饲料中添加化学防霉剂来控制霉菌毒素，该法比较简便，使用最普遍。常用的化学防霉剂包括丙酸及其盐类、山梨酸及其盐类、双乙酸钠、乙氧喹、延胡索酸、胱氢醋酸盐、龙胆紫、富马酸二甲酯等。对已被霉菌污染的饲料，普遍认为先进行化学消毒，然后进行辐射杀菌，不仅灭菌、防腐效果好，而且能提高饲料中维生素D的含量。③物理吸附法。用蒙脱石等将霉菌毒素吸附排出。④生物处理法。在饲料中添加微生物制剂或霉菌毒素降解剂，通过微生物的转化作用或直接用降解酶降解霉菌毒素。常用的有微生物芽孢杆菌、乳酸菌、黑曲霉、米根霉等。物理防控方法存在着成本高、操作难等缺点。化学防控方法存在改变饲料性状等问题。运用蒙脱石等吸附虽然已经取得一定进展，但在实用性、有效性和安全性上还存在较多问题。利用微生物制剂或降解酶降解霉菌毒素的生物脱毒法已开展了大量研究，展示了广阔的应用前景，但在微生物菌种选育、降解机制等方面还存在很多问题，尚需深入研究。